Код

//===================================
// Возвращает дескриптор (handle) активного окна
Функция ПолучитьХэндлАктивногоОкна()

	// получение дескриптора активного окна с точки зрения Windows
	// требует выполнения скрипта VBScript
	Скрипт = СоздатьОбъект("MSScriptControl.ScriptControl");
	Скрипт.Language = "vbscript";
	ТекстСкрипта = "
		|Function GetForegroundWindow()
		|	Set Wrap = CreateObject(""DynamicWrapper"")
		|	Wrap.Register ""USER32.DLL"", ""GetForegroundWindow"", ""f=s"", ""r=l""
		|	hwnd = Wrap.GetForegroundWindow()
		|	GetForegroundWindow = hwnd
		|End Function
		|";
	Скрипт.AddCode("" + ТекстСкрипта);
	ХэндлАктивногоОкна = Скрипт.Run("GetForegroundWindow");
	Скрипт = "";

	Возврат ХэндлАктивногоОкна;

КонецФункции	// ПолучитьХэндлАктивногоОкна

// ЗДЕСЬ решена проблема "прозрачных" для FormEx кнопках
Процедура ПриНажатииЛевойКнопки(Конт, СостояниеКнопокМыши, КоординатаПоГоризонтали, КоординатаПоВертикали ,ФлагСтандартнойОбработки)

	// если щелчок не на открытой форме (FormEx не вернул контекст)
	Если ТипЗначения(Конт)<>100 Тогда
		СообщитьОтладИнфо(СобытиеСтр, ОтладИнфоСтр);
		Возврат;
	КонецЕсли;

	// модальные диалоговые окна "прозрачны" для FormEx
	// (типа "Сервис -> Настройка параметров", "Выбор интервала журнала")
	// если диалог перекрывает форму в точке щелчка, то FormEx возвращает контекст формы под диалогом
	// для обработки таких ситуаций обратимся к WinAPI и будем использовать флаг
	фЩелчокНаПрозрачномДляFormExДиалоге = 0;

	// дескриптор окна, на котором с точки зрения WinAPI сделали щелчок
	ДескрипторАктивногоОкна = ПолучитьХэндлАктивногоОкна();
	// если это модальный диалог, "прозрачный" для FormEx, то WinAPI вернет его дескриптор
	// иначе WinAPI вернет дескриптор главного окна 1С:Предприятие
	Если ДескрипторАктивногоОкна<>ДескрипторОкна1СПредприятие Тогда
		фЩелчокНаПрозрачномДляFormExДиалоге = 1;
	КонецЕсли;

	// если щелчок на "прозрачном" для FormEx диалоге, то щелчок обрабатывается системой
	Если фЩелчокНаПрозрачномДляFormExДиалоге=1 Тогда
		Возврат;
	КонецЕсли;

	// <здесь ваш код, обрабатывающий нажатие левой кнопки мыши>

КонецПроцедуры