Но вообще у тебя получится на каждый документ по несколько строк, так как в регистр пишется запись для каждой строки документа, чтобы получить запись в одну строку нужно сгруппировать по документам, но чтобы точно попасть в индекс лучше группировать по Date_Time_Iddoc:

SELECT
     min(Реал.IDDoc) as [Док $Документ],
     min(Реал.IDDocDef) as Док_вид,
     sum($Реал.Сумма) as Сумма
FROM
     $Регистр.Реализация AS Реал
WHERE
    Реал.Date_Time_IDDoc BETWEEN :ВыбНачПериода AND:ВыбКонПериода~
GROUP BY
  Реал.Date_Time_IDDoc
ORDER BY
  Реал.Date_Time_IDDoc