Код

Процедура глПроверкаПростоя()
    Перем Конт;
    // процедура вызывается каждые 10 секунд
    глВремяПростоя = глВремяПростоя + 1;
    Если глВремяПростоя = 6 Тогда
	  Если Сервис.АктивныйКонтекст(Конт) = 0 Тогда
		Окна = СоздатьОбъект("Окна");
		Окна.МинимизироватьВТрей(1);
		Окна.Минимизировать();
		СписокПараметров= СоздатьОбъект("СписокЗначений");
		СписокПараметров.ДобавитьЗначение(глПользователь);

		Если ФС.СуществуетФайл(КаталогИБ()+"ExtForms\LogonUser.ert")=1 Тогда
		   ert");
		Иначе
		    Предупреждение("Не найден файл <LogonUser.ert> в папке: "+КаталогИБ()+"ExtForms\"
		    +РазделительСтрок+РазделительСтрок+
		    "Сообщите программисту о данном Сообщении и опишите Операцию при которой возникло сообщение !!!", 60);
		КонецЕсли;
		Окна.Максимизировать();
		Окна="";
	  КонецЕсли;
	  глВремяПростоя = 0;
    КонецЕсли;
КонецПроцедуры
 

Можт тебе нужен Сервис::СписокВсехОткрытыхОкон() ?

В контексте обработки она сама себя видит даже таким тупым образом

Код

//*******************************************
Процедура Сформировать()
	серв = СоздатьОбъект("Сервис");
	сп = серв.СписокВсехОткрытыхОкон();
	Если ( сп.НайтиЗначение( Контекст )  <> 0 ) Тогда
		Сообщить( "Я есть!" );
	Иначе
		Сообщить( "Ой.." );
	КонецЕсли;
КонецПроцедуры 

Хотя у тебя контекст глобального модуля, и тебе искать её в этом списке придётся по другому.

Код

ПриНачалеЗагрузкиСистемы()
//...
Если ПустоеЗначение(глПользователь.ВремяБлокировки)=0 Тогда
    ФлагErtLogOnUser = 0;
    Сервис.ОбработкаОжидания("глПроверкаПростоя",10000);
КонецЕсли;
//...


Процедура глПроверкаПростоя()
  // процедура вызывается каждые 10 секунд

  глВремяПростоя = глВремяПростоя + 1;
  //Сообщить("ФлагErtLogOnUser "+Строка(ФлагErtLogOnUser)); //отладка
  //Сообщить("глВремяПростоя "+Строка(глВремяПростоя)); //отладка

  Если глВремяПростоя = 6*глПользователь.ВремяБлокировки Тогда
    //глПользователь.ВремяБлокировки - реквизит для пользователя через сколько минут
    Если ФлагErtLogOnUser = 0 Тогда
	ФлагErtLogOnUser = 1;

	Окна = СоздатьОбъект("Окна");
	Окна.МинимизироватьВТрей(1);
	Окна.Минимизировать();

	СписокПараметров= СоздатьОбъект("СписокЗначений");
	СписокПараметров.ДобавитьЗначение(глПользователь);

	Если ФС.СуществуетФайл(КаталогИБ()+"ExtForms\LogonUser.ert") = 1 Тогда
	   rt");
	Иначе
	   Предупреждение("Не найден файл <LogonUser.ert> в папке: "+КаталогИБ()+"ExtForms\"
	   +РазделительСтрок+РазделительСтрок+
	   "Сообщите программисту о данном Сообщении и опишите Операцию при которой возникло сообщение !!!", 60);
	КонецЕсли;
	Окна.МинимизироватьВТрей(0);
	Окна.Максимизировать();
	Окна="";
	ФлагErtLogOnUser = 0; // но пока не выполнена модальная обработка
    КонецЕсли;
    глВремяПростоя = 0;
  КонецЕсли;
КонецПроцедуры