Кстати есть множество наработок для нескольких ПС. Могу поделиться оторвав от конфигураций. Мне не особо жалко.

А стандартные отчеты прекрасно работают с 2 ПС и ничего писать не надо. Только пользователям которым "не положено" как я писал выше надо задать четко ПС, а которым "все можно" им оставить типизацию = "Счет".

И еще... при распараллеленом учете в двух ПС шанс напортачить меньше. Документ один а значит кому можно он проводки в обоих ПС видит и понимает что он творит.
Сразу предупреждаю, копирование основного плана счетов - простой путь, но тяжелый для 1С, в плане производительности немного хуже. Если ряд счетов не предполагается вести с другими суммами или субконто, советую либо субконто удалить и просто суммы писать, либо не использовать вовсе и по возможности поудалять.
Правда "нестандартные" отчеты прийдется переписывать, ибо бух скажет
"мне ОС надо и материалы" а они у тебя в разных ПС, соответственно какие-нить ОС будешь в первом цеплять, а Материалы по реальным ценам во втором.

НО: если база в плохие (читай ненужные) руки попадет сам понимаешь, все на лицо. Вот тебе и "хорошие" проводки, вот и "плохие".
Второе НО: мы никому не обязаны показывать наш "электронный учет", только бумажный. И базу никакие налоговики и прочие органы без решений суда брать не имеют право. А этого я никому не желаю. Да и если захотят то обе найдут, будь они в одной или в двух конфах.

Вот   

_{Пы.Сы. тут больше наверное народу на ТиС, по бух. не так много}

Со вторым планом счетов уж больно заморочено получится.