Ключевое слово в задумке -"ПОДСТРОКА". Т.е. фильтр должен быть по вхождению. Насколько я понимаю (и это описано в документации), в качестве фильтра можно указать только точное значение. [Если индекс построен по одной колонке, то в качестве ключей можно использовать значение колонки. Если же индекс по нескольким колонкам, то ключ должен быть СписокЗначений, содержащий значения ключевых колонок, заданных в методе ДобавитьИндекс().]
Хочу ошибаться, докажите ошибочность моего мнения

Для проверки использовался такой код (пока по одной колонке)
ТЗ=глТЗНомПодбор.Копия();
Если ВариантФильтраПоПодстроке=1 Тогда
ТЗ.ДобавитьИндекс("индТовар","Товар");//Для фильтра по товарам
//ТЗ.ДобавитьИндекс("индШтрихКод","ШтрихКод");//Для фильтра по штрих-коду
//ТЗ.ДобавитьИндекс("индЦена","Цена");//Для фильтра по цене
ТЗ.УстановитьФильтр(ВыбПодстрока,ВыбПодстрока,"индТовар");
ТЗ.Выгрузить(ТЗТовары,"индТовар");
ИначеЕсли ВариантФильтраПоПодстроке=2 Тогда
ТЗ.НоваяКолонка("флВхождение");
ТЗ.ДобавитьИндекс("индфлВхождение","флВхождение");//Для фильтра по вхождению
Подстрока=СокрЛП(Нрег(ВыбПодстрока));
ТЗ.ВыбратьСтроки();
Пока ТЗ.ПолучитьСтроку()=1 Цикл
Если Найти(нрег(ТЗ.Товар),Подстрока)=0 Тогда
Продолжить;
КонецЕсли;
ТЗ.флВхождение=1;
КонецЦикла;
ТЗ.УстановитьФильтр(1,1,"индфлВхождение");
ТЗ.Выгрузить(ТЗТовары,"индфлВхождение");
КонецЕсли;
ТЗТовары.НоваяКолонка("Количество");
ТЗТовары.НоваяКолонка("Сумма");
ТЗТовары.ДобавитьИндекс("индКодЕдиницы","КодЕдиницы");//Для поиска по коду единицы
ТЗТовары.ДобавитьИндекс("индКоличество","Количество");//Для выгрузки количества из документа
);
ТП.ОбновитьСтроки();
Вариант 1 не работает, вариант 2 - работает.