Хочу поделиться как это сделал у себя.
У меня порядка 15 документов, имеющих 2-3 табличные части ,
4 документа имеют 10 ТЧ, и один с 14 ТЧ.  
Я перепробовал все выше перечисленные способы реализации сабжа. В конце-концов остановился на хранении таб.частей в реальной табличной части документа.
Поскольку я сразу написал базовый класс ТабличныеЧасти, в котором описал всю логику сохранения-загрузки данных(если контекст - то использую перехватчик для перехвата ПриЗаписи), то для конкретных документов наращивать очень просто. А унаследовав от Документ можно писать что-то типа "Документ.ТабличныеЧасти.ПараметрыДизайнов.ВыбратьСтроки();" и т.п..
Почему выбрал такой способ хранения? Когда много документов имеющих много табличных частей, то использовать доп.документы как-то не хочется. Справочники тоже. Не знаю, но у меня возникало множество непонятных ошибок при удалении документов. Хранить в неодинэсовских табличках тоже оказалось не очень хорошо- это проявилось опять же при удалении помеченых на удаление объектов, 1-Це же не знает, что на удаляемый объект есть ссылки в посторонних табличках. Хотел повесить тригерры, но потом попробовал хранить в реальной табличной части и тут все сошлось  .  На мой взгляд единственный недостаток сего способа, это много колонок в таб.части документа - если тип-вид реквизита не совпадает я создаю еще одну колонку.
По поводу 9999 строк. Я не видел ни разу ни одного документа с таким количеством строк. Я не думаю что кто-то из юзеров вводит в одну табличную часть более 100 строк. Скорее всего подобные документы создаются програмно, а следовательно подобный алгоритм можно и переделать.

Dmitry The Wing писал(а) 28. Марта 2012 :: 01:11:

В реальной таб.части у меня есть строчная колонка TABLEID. Я сразу загружаю ТЧ в индексированную таблицу и по индексу на колонке TABLEID разбираю ТЧ на несколько. ИндексированнаяТаблица очень шустро загружает-выгружает ТЧ документа, проблем в скорости я не заметил. Далее я добавляю динамические свойства, это и есть таб.части. Очень удобно.
Делал тест, создал документ с тремя таб.частями, в каждую програмно добавил по 500 строк(т.е. в реальной ТЧ 1500 строк). Если открывать сей документ используя мой способ и таб.части отображать в табличных полях, открытие очень быстрое. Если отображать такое к-во строк в стандартной таб.части, то открытие документа подтормаживает.


Dmitry The Wing писал(а) 28. Марта 2012 :: 01:11:

Подобных документов раз-два и обчелся их можно и не трогать. Ну или реализовать через справочник.
Я еще раз говорю я перепробовал ВСЕ описанные выше способы.
И не просто "потестил", а использовал в промышленной системе, но остановился на том методе, который описал.
P.S. Если правду говорить, способ хранения данных в длинной строке я использовал для хранения некритичных данных. На мой взгяд это ОЧЕНЬ плохой способ. Но сие мое личное мнение.

Спасибо, есть из чего выбрать.

Dmitry The Wing писал(а) 02. Апреля 2012 :: 01:07:

Это выглядит красиво. Но если табличные части имеют совершенно разные поля, разные и по смыслу и по  содержанию, то получается не очень хорошо .
У меня тоже используюся ТабличноеПоле,  мне не очень нравится ТаблицаЗначений. Но выше мы вроде обсуждали способы хранения данных, а не их отображения.