Я делал подобную систему для SQL.
Основная идея: Все сливается в центральную базу, выгрузки из неё фильтруются.
Способ: замена хранимой процедуры _1sp_RegisterUpdate
на свою, в которой проводится анализ: необходима условная выгрузка объекта или безусловная (по типу объекта и необходимости фильтрации данных для ИБ)

Объекты безусловной выгрузки пишутся в стандартную таблицу _1SUPDTS, а условной выгрузки в свою таблицу.
Затем, перед выгрузкой проходим по таблице SQL-скриптом и переносим записи в табл. _1SUPDTS для объектов, удовл. условию. Остальные удаляем.
Я фильтровал только доки по общему реквизиту, в который програмно писал коды баз для выгрузки.

Плюсы:
-Если забыли вызвать скрипт (или он выполнился некорректно) никаких лишних данных никуда не уйдет.
-Алгоритм заполнения общего реквизита любой:
У меня учитывается как подчинение документов, так и значение реквизитов (Написан спец. класс для анализа, в котором есть процедуры для каждого вида документа). Также возможно у нужного документа просто установить "Галочку" на против соотв. базы.
PS: Для справочников подобный алгоритм реализовать сложнее - там нет общего реквизита, но нет ничего невозможного